ADVERTENCIA: El siguiente artículo contiene spoilers de Días pasados .
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Después de aproximadamente 40 horas de juego para completar la historia principal, muchos jugadores dejarán sus controladores a un lado y se irán. Días pasados para bien. Otro iniciará un archivo de guardado completamente nuevo. Sin embargo, aquellos que continúen jugando después de los créditos serán recompensados con un final secreto, uno que tiene enormes ramificaciones.
Una vez que finaliza la misión final y se destruye Wizard Island, el mapa de mundo abierto del juego todavía está disponible para recorrer. A partir de ahí, los jugadores pueden terminar cualquier objetivo secundario restante, como los sitios de investigación Freaker Hordes o NERO. Después de un tiempo, el jugador recibirá un mensaje de radio del investigador de NERO James O'Brian, quien le pedirá al jugador que lo conozca.
Cuando el protagonista Deacon St. John se encuentra con O'Brian en el antiguo cementerio, las cosas se vuelven locas. En el prólogo, el jugador se encuentra con O'Brian, quien lleva un traje de cuerpo entero y un casco con una pantalla transparente. Aquí, su rostro es visible. Sin embargo, durante el resto del juego, la máscara de O'Brian está teñida, lo que significa que Deek no puede ver su rostro.

La razón de esto solo se revela en la escena del final secreto: O'Brian está infectado. Finalmente se quita la máscara para revelar un rostro vascular macabro, lo que hace que Deacon retroceda. O'Brian explica que el virus que creó a los Freakers está evolucionando rápidamente y ahora se encuentra en una etapa en la que puede invadir el sistema linfático (que ayuda a proteger el cuerpo de enfermedades e infecciones) de personas no infectadas. También revela que los altos mandos de NERO saben de esto por un tiempo y advierte a Deacon que van a venir. O'Brian se va, saltando a un helicóptero aerotransportado con fuerza y agilidad inhumanas.
Esta escena transmite que esta nueva cepa del virus crea una forma completamente nueva de Freaker, una que mantiene las funciones cognitivas de un humano pero posee la fuerza, la velocidad y la agresión de las criaturas que Deacon lucha en todo momento Días pasados . De hecho, en varios puntos de esta escena, el cuerpo de O'Brian hace tirones aparentemente involuntarios, e incluso da varios pasos hacia Deek antes de disculparse. Aunque nunca se dice explícitamente, parece que O'Brian está resistiendo el impulso biológico de atacar provocado por el virus.
Claramente, esta escena tenía la intención de dejar la puerta abierta durante un Días pasados secuela, algo que ahora parece que nunca sucederá. En lugar del final optimista de Deek cabalgando hacia el atardecer con Sarah, este giro terminó el juego con una nota más oscura y amenazante. La nueva forma de Freaker introducida a través de O'Brian habría sido un enemigo formidable en un segundo juego, que seguramente habría seguido los esfuerzos de Deacon para descubrir la verdad sobre el vínculo de NERO con el virus.
Vale la pena señalar que, aunque NERO ocupa un lugar destacado en Días pasados , Deacon nunca lucha contra ellos. En las misiones en las que aparecen, Deek solo puede escabullirse entre los soldados e investigadores, ya que el juego deja en claro que sus trajes están demasiado reforzados para que él pueda cortar o disparar. Una secuela probablemente habría convertido a NERO en el principal antagonista, con Deacon y compañía teniendo que enfrentarlos de frente. Sin embargo, tal como están las cosas, esta es una historia que no se contará.