Durante los últimos días de la República, la Guerra de las Galaxias universo recibió un golpe masivo al lado luminoso de la Fuerza. En una orden rápida, el Emperador Palpatine activó la Orden 66. El protocolo se implantó mediante un chip en cada soldado del ejército clon y, una vez activado, obligó a los soldados a ejecutar a todos los Jedi en su vecindad. La Gran Purga Jedi puso fin a una gran cantidad de Jedi y, con sus muertes, puso fin a las misiones y misterios que aún quedaban por completar.
De todos los Jedi que cayeron en ese fatídico día, ninguno parecía tan brutal como la muerte de Aayla Secura en el vibrante planeta de Felucia. Star Wars Episodio III: La venganza de los Sith muestra a la joven twi'lek siendo abatida por su batallón de clones. Lamentablemente, cuando cayó, un pájaro la distrajo y no pudo reaccionar. Sin embargo, el disparo se prolonga unos segundos más y muestra que los clones continúan disparando sobre su cuerpo inerte. Han surgido muchas preguntas de su terrible desaparición mientras los fanáticos intentan descubrir por qué los clones parecían tan fríos con ella.
Al igual que su maestro, Quinlan Vos, Secura eligió caminar por su propio camino mientras prestaba atención a la Orden Jedi. Esto se demostró en su elección de ropa y en la forma en que manejaba su sable de luz con un agarre inverso. Secura se preocupaba profundamente por su maestro, que era excepcionalmente fuerte en la Fuerza. Muchos teóricos creen que ella también era inmensamente poderosa en la Fuerza. Si este fuera el caso, la razón por la que los clones la mataron a tiros puede haber sido para asegurarse de que no se levantara para infligir un daño masivo con sus habilidades.
La mayoría de las aventuras de Secura no la muestran usando una fuerza inmensa en la Fuerza durante las Guerras Clon. Aun así, es muy posible que sus habilidades aún no se hayan manifestado por completo. Alternativamente, su fuerza podría haber sido canalizada a través de su habilidad de lucha que utilizó la Forma IV y la Forma V de combate con sables de luz, e incluyó una gran cantidad de acrobacias y movimientos ofensivos a gran velocidad.
Otra teoría que se presentó se relacionó en gran medida con la relación de Secura con su batallón de clones. Debido a los muchos años que los Jedi pasaron con sus soldados clon, se formaron muchos lazos entre los dos grupos. Algunos de los mejores ejemplos incluyen al Capitán Rex y Ahsoka Tano o al Comandante Cody y Obi-Wan Kenobi. Con esa lógica, los clones pueden haber disparado continuamente contra Secura porque recordaron la historia que compartieron con ella y querían asegurarse de que su muerte fuera rápida e indolora. Si es cierto, eso haría que su acto final como soldados clon sea uno de los más misericordiosos de la Purga.
Aayla Secura fue una de las Jedi más compasivas de la orden. Debido a eso, su violento final ha sido considerado uno de los más brutales de la Gran Purga Jedi. La muerte de Secura también representa la devastación rápida y quirúrgica que el Emperador se había propuesto lograr. Se necesita mucho para matar a un Jedi, e incluso Anakin Skywalker en La amenaza fantasma no creía que fuera posible derrotarlos a todos. Sin embargo, el Emperador demostró que estaba equivocado al eliminar a casi todos de un solo golpe.
La muerte de casi todos los Jedi se produjo rápida y violentamente. Durante el evento, algunos de los últimos sentimientos que sintieron los usuarios de la Fuerza sobrevivientes fueron la traición y el dolor. Incluso la muerte de Secura alcanzó a Yoda, que estaba en un planeta completamente diferente en ese momento. La razón exacta por la que los clones dispararon tantas veces contra Secura sigue siendo un misterio. Sin embargo, ese misterio ha permitido a los fanáticos reunirse, una vez más, para especular sobre los muchos otros misterios en el universo de Star Wars.
