El central juego de cartas en el Yu-Gi-Oh La franquicia se remonta a miles de años. A pesar de que Pegasus fue quien le dio a los seres icónicos que definieron el anime una carta física, los espíritus de estos monstruos existieron mucho antes de eso. De acuerdo con este sentimiento, la historia de Yami Yugi se remonta a miles de años atrás.
El antiguo Egipto era un lugar donde los hechiceros podían usar la magia para que los monstruos lucharan en su nombre. Incluyendo figuras como el legendario Dragón Blanco de Ojos Azules y el Mago Oscuro, confiaron en estos seres para derrotar a sus oponentes por ellos.Cuando Yami Yugi se fusionó con Yugi Muto, el chico que logró armar el Rompecabezas del Milenio, perdió el acceso a algunos de los recuerdos de su pasado. Uno de estos secretos incluía su nombre. Al final de Yu-Gi-Oh , se reveló que el verdadero nombre de Yami Yugi era Atem.
El padre de Atem fue aquel cuyas decisiones llevaron a la creación de los Objetos del Milenio. Aknamkanon fue un faraón en Egipto que tuvo que lidiar con el ataque de las fuerzas invasoras. Si no se enfrentaba a estos enemigos, era seguro que Egipto enfrentaría muchas bajas. Ante esta situación, su hermano Aknadin insistió en que aprueba la creación de los Millennium Items. Si bien este faraón se mostró reacio al principio, el hecho de que las fuerzas enemigas continuaran presionando más le hizo estar de acuerdo. Estos Objetos del Milenio fueron otorgados a funcionarios de alto rango en Egipto, y el Rompecabezas del Milenio finalmente pasó a Atem.
Después de la muerte de Atem, los Guardianes de la Tumba se ocuparon de la tumba del faraón. Estaba escrito que un día el faraón regresaría al mundo de los vivos, por lo que era deber de los sepultureros prepararse para su regreso. Este legado se transmitió de generación en generación, con las palabras sagradas inscritas en sus espaldas en anticipación a este día. Sin embargo, para cuando Marik Ishtar.
El primer desafío de Yami Yugi llegó fantasmas de su pasado . Particularmente, su mayor desafío llegó en la forma de tratar con muchas personas que poseían los Objetos del Milenio. Ya sea Pegaso con el Ojo del Milenio, Bakura con el Anillo del Milenio o Marik con la Vara del Milenio, cada uno de ellos utilizó los poderes de sus herramientas para luchar contra Yami Yugi. Mientras cada uno de ellos luchó justamente contra los camaradas de Yugi, lucharon para enfrentar al faraón.
El arco de Battle City fue algo que solidificó las reglas del duelo en el Yu-Gi-Oh universo. En los tiempos de Duelist Kingdom, hubo algunos duelos que estiraron la interpretación de varios efectos. El duelo de Yugi contra Panik sirvió como un excelente ejemplo de duelos que van más allá de lo que se indica en el texto de la tarjeta del juego. Sin embargo, según las reglas que Kaiba estableció en el arco del torneo de Battle City, los duelos se volvieron más sobre las formas en que los duelistas usaban sus cartas para llevarse la victoria.
Para Yugi, el arco del torneo de Battle City proporcionó a uno de los mayores villanos en la forma de Marik Ishtar. Corrompido por la influencia de la Vara del Milenio mientras detestaba el hecho de que tuvo que dedicar gran parte de su vida temprana al Faraón, entró en la escena de Battle City con la intención de aplastar a la competencia. Su presencia en el arco no podía ser ignorada, ya sea a través de los diversos Rare Hunters que actuaron en su nombre o sus notables duelos contra Mai Valentine y Joey Wheeler más adelante en la serie.
Mientras tanto, Yami Bakura se convirtió en el medio por el cual el faraón se enfrentó directamente a su vida pasada. El Anillo del Milenio sirvió como recipiente para muchos males de los tiempos del Antiguo Egipto. En uno de los últimos arcos de Yu-Gi-Oh , Yami Yugi participó en un juego de sombras contra Yami Bakura que lo obligó a mirar hacia este pasado. En esta batalla, Yami Yugi se vio obligado a lidiar con Zorc, una fuerza malévola del mal que era lo suficientemente fuerte como para luchar incluso contra los dioses egipcios y Exodia en este juego de sombras.
El viaje de Yami Yugi concluyó con el viaje a su lugar de descanso final. Si bien se había enfrentado a muchas fuerzas que amenazaban el estado del mundo, finalmente llegó al punto en el que deseaba descansar. Poniendo todos los Objetos del Milenio en juego, Yami Yugi se enfrentó a Yugi Muto en el Duelo Ceremonial. Este duelo sirvió para múltiples propósitos, no solo dando algo de finalidad a la relación entre estos dos duelistas, sino que finalmente demostró que Yugi había crecido como duelista. Ya no necesitaba depender del faraón para derrotar a sus oponentes en la batalla. Con todos los amigos de Yugi y Kaiba presenciando el clímax de esta pelea, Atem se fue, junto con los Objetos del Milenio que estaban enterrados bajo tierra.
