Encontrar y cuestionar a uno de los co-conspiradores de Saren y su plan de devolver a los Reapers a la Galaxia, Matriarca Benezia, tendrá enormes implicaciones para los eventos de los próximos dos juegos. Comenzarás enfrentándote a un enemigo que durante mucho tiempo se pensó erradicado de la galaxia: el Rachni. Benezia también resulta ser Liara T’Soni madre, por lo que llevarla con ella puede conducir a algunas opciones de diálogo e interacciones interesantes.
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Una vez que Shepard recibe su estado de Espectro y el mando del Normandía , se enterará de los informes preocupantes de Geth en Noveria. A bordo del Normandy, usa el mapa de galaxias para dirigirte al Cúmulo de Nebulosa de Cabeza de Caballo en el mapa de galaxias y luego viaja al sistema estelar Pax. Noveria es un mundo helado, hogar de varios laboratorios secretos y sitios de prueba para experimentos peligrosos y / o controvertidos. El planeta se encuentra fuera del espacio de Citadel y no está sujeto a supervisión. Afortunadamente, el estado de Shepard's Spectre lo exime de esto, y el Normandy estará autorizado para aterrizar en Port Hanshan.
Misión: Port Hanshan

Cuando su escuadrón pase por el control de seguridad, puede hablar con Gianna Parasini, quien le informará que la matriarca Benezia había llegado recientemente y se encuentra en las instalaciones de Peak 15. Para continuar la misión, primero necesitará un pase de garaje para salir de la instalación. Puedes adquirir el pase más rápido al exponer las actividades de un contrabandista de Hanar, o puedes hacer una misión secundaria de Parasini, que implicará complicadas opciones de diálogo y combate, pero que puede darte mejores recompensas.
Al entrar en el garaje, verá que está ocupado por dos Destructores Geth, un Fantasma, un Stalker, un Rocket Trooper y un Shock Trooper. No te detectarán al principio, lo que te permitirá colocar a tu escuadrón detrás de una cobertura cercana y tenderles una emboscada. Si quieres que la pelea sea un poco más fácil, puedes desbloquear el vehículo M29 Grizzly cercano a la izquierda y usar su torreta, aunque te perderás XP por eliminarlos tú mismo. Una vez que se hayan ocupado de todos los enemigos, puede tomar el Mako al final del garaje para pasar a la siguiente sección de la misión. Hay algunas misiones secundarias opcionales que puedes emprender antes de salir de Port Hanshan, así que asegúrate de haber hecho todo lo que quieres de antemano.
Misión: Valle de Alutsk

Después de salir en el Mako, diríjase por el camino del acantilado, que eventualmente lo llevará al Peak 15 Garage. Puedes salir del vehículo para recoger el botín de un par de transportes Grizzly abandonados a lo largo del camino. Viajará a través de un peligro de frío de nivel uno, por lo que su escuadrón deberá limitar su exposición fuera del vehículo. Continúa por el camino y te acercarás al primer túnel. Los Geth tienen una torreta reforzada con Shock Troopers, Rocket Troopers y Troopers regulares. Aproximadamente a la mitad del túnel hay cuatro Geth Rocket Troopers. Por lo general, todos disparan al mismo tiempo, por lo que es fácil esquivar sus disparos. Se reproducirá una escena después de salir del túnel, mostrando una armadura Geth y algunos Rocket Troopers bloqueando su camino. Después de algunos enemigos más, incluidas tres torretas, ingrese al Peak 15 Garage.
Misión: Pico 15

Al atravesar el garaje, la siguiente habitación te tendrá frente a un Geth Juggernaut, un Destroyer, Shock Trooper y un Repair Drone. Se aconseja que primero elimines el dron para que puedas destruir al resto de los Geth más fácilmente. También habrá tres Krogan asistiendo a los Geth, con dos en el suelo en la parte de atrás y en una pasarela en la parte superior izquierda. Luego se encontrará con un ascensor al final del túnel, pero asegúrese de saquear la oficina de seguridad cercana para obtener un kit de actualización. El ascensor te llevará a la cima, donde tendrás que enfrentarte a algunos Geth Shock Troopers en la cafetería. Después de sacarlos, querrás cambiar tu equipo por daño tóxico y munición anti-orgánica, ya que pronto te enfrentarás a los Rachni. Una especie de mente colmena, los Rachni son un enemigo mortal con drones obreros que se precipitan hacia ti y explotan en ataques suicidas y soldados que usan ataques con ácido que pueden eludir tus escudos. Afortunadamente, los Rachni son extremadamente vulnerables a los ataques bióticos, así que asegúrese de llevar al menos un compañero con esa especialidad.
Después de abrirse paso entre Rachni y llegar al siguiente ascensor, llegará al VI Core de la instalación. Llegará otra turba de trabajadores de Rachni que debes sacar antes de llegar a ti. La razón principal de los cortes de energía es que el VI está fuera de línea, pero se puede reparar completando las tareas de reconectar las líneas fijas y reparar el reactor. Cada vez que repare algo, un soldado Rachni emergerá de una rejilla a la izquierda y al otro lado de la habitación. Una vez completadas ambas tareas, puede continuar con la misión y hablar con VI Mira para obtener información adicional. La siguiente parte es un túnel que está sellado y lleno de Rachni. Tienes la opción de reparar las rejillas de ventilación de plasma, que los matará a todos, hacer que Mira abra la puerta para que puedas luchar contra ellos directamente, o pasar por alto la puerta tú mismo y luchar contra ellos. Al abrir la puerta de al lado, aparecerán cuatro trabajadores de Rachni para que los mates antes de que se acerquen. Ahora puede dejar el área a la siguiente sección usando un tranvía.
Misión: Rift Station

El tranvía llegará a la estación de Rift inicialmente sin enemigos con los que luchar. A la vuelta de la esquina y subiendo el ascensor, llegará a la Estación Científica, donde se encontrará con el Capitán Ventralis y algunos guardias supervivientes. Después de hablar con él sobre la situación, le dará una tarjeta de acceso a Hotlabs, un área en el ascensor detrás de usted. Más Rachni atacarán de repente, lo que puede eliminarse con la ayuda de Ventralis. Desde aquí, los jugadores pueden optar por seguir el consejo de Ventralis y pasar por Hotlabs o explorar el nivel principal detrás de él, donde encontrarán más personal superviviente. Si pasas por los Hotlabs antes de llegar a los Secure Labs donde se encuentra Benezia, se revela que Ventralis está trabajando para Benezia y te envió allí para morir a manos de los Rachni. Estallará una pelea, que se puede terminar fácilmente con armas y habilidades de control de multitudes.
Misión: la matriarca

Dentro del laboratorio, encontrarás a Benezia de pie en la plataforma superior, observando a una Reina Rachni en la que se está experimentando, lo que explica de dónde vienen todos los demás enemigos de Rachni. Shepard puede hablar con ella y obtener respuestas a algunas preguntas, incluido un diálogo único si trajiste a Liara. Independientemente de la conversación, Benezia usará sus bióticos para poner a todo el escuadrón en estasis antes de convocar a sus secuaces. Una vez que finalmente te liberes, busca refugio y prepárate para una de las batallas más duras del juego.
Esta pelea consta de tres oleadas, con la Matriarca usando fuego biótico y de pistola desde su posición estática mientras sus secuaces te atacan en la sala enmarcada por la pasarela. Benezia es invulnerable en este momento, por lo que tendrás que derrotar a las tres oleadas para debilitarla. La primera oleada consta de dos Comando Asari que intentarán apresurarte de frente. No dejes que desaten sus bióticos; desactívelos antes de que tengan la oportunidad de atacar. La segunda ola consta de dos pares de Asari Commando y Geth Snipers. Usa el terreno de la habitación a tu favor y sigue moviéndote. El bloqueador de radar del Sniper puede ser un problema, así que considera equipar tus armas con tu mejor mejora de detección para contrarrestarlo. La tercera ola consta de ocho Geth Snipers divididos en dos grupos. Benezia se está debilitando visiblemente en este punto. Si se mueve rápidamente, a menudo puede atrapar a un grupo de cuatro con singularidad o elevación.
Una vez que esta ola final sea derrotada, comenzará otra conversación con Benezia, con ella logrando luchar contra el Adoctrinamiento Reaper el tiempo suficiente para contarle a Shepard sobre los Rachni, Saren, Sovereign y su plan. También mencionará que su misión era encontrar el relé Mu, proporcionando otra pista para la historia principal. Con el tiempo, el adoctrinamiento la dominará de nuevo y te verás obligado a luchar contra ella y tres Comando Asari más. Una vez que sea derrotada, te quedarás con la decisión de liberar a la Reina Rachni del cautiverio o matarla. Aprovecha esta oportunidad para buscar en el mapa cualquier botín que te hayas perdido antes de usar el tranvía para salir y completar la misión. De vuelta en Normandía, Shepard puede reunirse con el equipo en la sala de reuniones para discutir lo que sucedió en el planeta y su próximo movimiento. Puede aprovechar esta oportunidad para ganar algunos puntos de moralidad, así como para ponerse en contacto con el Consejo de la Ciudadela con una actualización.