Star Wars: Jedi Fallen Order sigue a Cal Kestis quien, mientras lucha contra el Imperio, se redescubre lentamente a sí mismo y su fuerza en la Fuerza. Durante el transcurso del juego, el jugador lleva a Cal a varios planetas para intentar obtener acceso a un Holocrón Jedi que contiene las ubicaciones de los niños sensibles a la Fuerza que sobrevivió a la Orden 66 . Pero él y su tripulación no son los únicos que los persiguen; el Imperio envió a sus Inquisidores Sith más peligrosos para capturar el Holocrón por sí mismos para que pudieran erradicar a los Jedi restantes. Eventualmente, sus caminos chocan en un épico enfrentamiento final .
Después de un duelo con Trilla Suduri, la Segunda Hermana, Cal pierde el Holocrón Jedi y regresa a The Mantis derrotado. Su amigo y nuevo maestro, Cere Junda, acepta unirse a él en una misión a la Fortaleza Inquisitorius para recuperar el Holocrón. También es el mismo lugar donde fue torturada y donde Trilla se volvió hacia el Lado Oscuro. Recién nombrado caballero, el dúo comienza lo que podría ser una misión suicida. Mientras están en las instalaciones, los dos se separan y Cal se dirige a una cámara de tortura vacía. Allí se encuentra con Trilla por última vez.
Cuando Cal derrota a Trilla, Cere llega para apelar a la luz en ella por última vez. Con una sincera disculpa de su antiguo maestro, Trilla deja ir el odio que llevaba en ella durante años. Pero antes de que pueda hacer algo con su recién descubierta libertad del Lado Oscuro, Darth Vader llega y la corta por fallarle. Cere se mueve para pelear también, pero instantáneamente es arrojada desde una repisa. Con solo Cal entre Vader y el Holocrón, intenta atacar. Vader lo pone en un Force Choke que casi mata a Cal antes de que cause suficiente distracción como para correr hacia el turbo ascensor cercano.
Se produce una persecución en la que el jugador usa todas las habilidades transversales de Cal para navegar por el puente mientras Vader usa su fuerza en la Fuerza para desmantelar el camino que tiene por delante. Cal casi escapa al ascensor justo cuando Vader usa su sable de luz para abrirse camino. La breve secuencia muestra de manera experta cuán fuerte se ha vuelto Vader en comparación con Jedi como Cal y Cere. Su presencia evoca sentimientos de asombro ante su inmenso poder y terror, y Vader usa ese poder para intentar matar al joven Jedi.
Mientras Cal escapa, Vader lo acorrala y usa la Fuerza en el sable de luz de Cal para cortar lentamente su costado. Pero como toda esperanza parece perdida, Cere llega para ayudar a Cal. Ella retiene con éxito a Vader el tiempo suficiente para que Cal inunde el pasillo y escape. Sin embargo, casi se ahoga mientras intenta salvar a su maestro. Afortunadamente, la amiga de Cal y Hermana de la Noche, Merrin, recupera al dúo y los lleva de regreso al Mantis.
Completamente curado, Cal encuentra a Cere y la tripulación, incluido su piloto, Greez, abriendo el Holocrón, revelando los nombres de los niños sensibles a la Fuerza. Pero en lugar de intentar encontrarlos a todos, Cal decide que es mejor destruir el Holocrón y dejar su destino en manos de la Fuerza. Su destrucción salvó a los niños y el futuro de la galaxia, ya que los posibles Jedi permanecerían a salvo del Imperio. Una vez completada su misión, la tripulación del Mantis decide permanecer unida, estableciendo un rumbo para su próxima aventura .
